精工致善丨火山圖繪制
什么是火山圖？
火山圖是散點圖的一種，它將統計測試中的統計顯著性量度（如p-value）和變化幅度相結合，從而能夠幫助快速直觀地識別那些變化幅度較大且具有統計學意義的數據點（代謝物等）。是一種單變量統計分析方法，常應用于研究基因組、轉錄組、代謝組、蛋白質組等數據分析。
如何繪制火山圖？
操作流程
1.進入在線分析軟件
2.上傳數據
2.1.準備數據文件
1）需要有樣本名和樣本分組信息，文件格式需為制表符分割的TXT文件或逗號分割的CSV文件。
2）靶標中不能有希臘字母α、β等，用alpha、beta等替換。
示例1：
2.2文件上傳
1）數據類型選擇濃度；
2）數據格式選擇樣品在每一列（未配對），可根據實驗數據實際情況選擇樣品在每一行或是每一列、配對或未配對實驗；
3）選擇整理好的文件上傳，提交即可。
2.3檢查數據格式
檢查數據格式，是否有非數值數據、缺失值或其它特殊字符和標點符號。
注意：軟件會默認將缺失值及零值替換為其對應變量的最小正值的1/5。
2.4數據處理
3.數據分析
3.1選擇分析項目
3.2參數設置
1）填寫FC閾值，一般為2。P-value閾值一般為0.05。也可根據自己實際情況調整。
2）點擊提交即可
4.圖形解讀
4.1火山圖
圖中每個點代表一個檢測到的靶標。橫軸是Log2(fold change)，點越偏離中心，表示差異倍數越大�？v軸是-Log 10 ( P-value)，點越靠圖的頂部表示差異越顯著。點的顏色標記其對應的靶標是上調, 下調還是無差異。P值<0.05且FC>2的表現為紅色點，說明該靶標上調，P值< 0.05且FC < 2的表現為藍色點，說明該靶標下調。
4.2箱形圖
點擊火山圖中的點即可顯示原始濃度數據和數據歸一化處理后的箱形圖，可幫助快速識別異常值。
5.繪圖平臺
登入鏈接：https://www.metaboanalyst.ca/
MetaboAnalyst是一個代謝組學數據分析的綜合平臺。當前的MetaboAnalyst (V5.0)支持原始MS光譜處理、綜合數據歸一化、統計分析、功能分析、薈萃分析以及與其他組學數據的綜合分析。
