精工致善丨KEGG之代謝通路分析
1.什么是KEGG？
KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因組百科全書，是系統分析基因功能，聯系基因組信息和功能信息的知識庫。KEGG是一個綜合數據庫，它們大致分為系統信息、基因組信息、化學信息和健康信息四大類。KEGG PATHWAY是最核心的數據庫之一。
2.代謝通路圖的解讀與查詢
2.1解讀代謝通路圖
一般，KEGG中存在兩種代謝圖：
①reference pathway，根據已有的知識繪制的、概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖，為白色小框，在KEGG中名字以map開頭，比如map00061脂肪酸生物合成通路圖。
一般代表酶，方框里的代表EC編號，代表化合物，把鼠標放上去，會出現如C00024Acetyl-CoA，C代表compound，00024是這種化合物在KEGG中的編號。
②species-specific pathway，綠色小框為該物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框有更詳細的信息。KEGG中名字為特定物種種屬英文縮寫，比如酵母的糖酵解通路圖，sce00010。
2.2查詢代謝通路
輸入想要查找的通路，例如map00061或查詢某一化合物的相關通路，例如Hexadecanoic acid棕櫚酸的相關通路，點擊GO。
顯示棕櫚酸相關的所有代謝通路圖，點擊通路圖編碼或右側圖即可查看該通路圖詳細信息。
由上圖可看出棕櫚酸下游代謝產物有棕櫚酰輔酶a、β-酮硬脂酰輔酶a、左棕櫚酰肉堿等。
也可通過KEGG COMPOUND模塊查找化合物詳細信息，其中包括相關通路。
在搜索框中輸入化合物名稱，例如Hexadecanoic acid棕櫚酸，點擊GO即可顯示搜索結果。
選擇正確的化合物編碼并點擊進去，即可顯示該化合物的詳細信息。
3.繪圖平臺
登入鏈接：https://www.kegg.jp/
KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因組百科全書，是系統分析基因功能、基因組信息數據庫，KEGG也能提供整合的代謝途徑查詢功能，包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代謝及有機物的生物降解，不僅提供了所有可能的代謝途徑，而且對催化各步反應的酶進行了全面的注釋，包括氨基酸序列、PDB庫的鏈接等等。
